Genomic monitoring unveils a high prevalence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Omicron variant in vaccine breakthrough cases in Bahia, Brazil

SUMMARY OBJECTIVE: Genome sequencing has been proved to be an excellent tool to monitor the molecular epidemiology of the disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, i.e., coronavirus disease 2019. Some reports of infected, vaccinated individuals have aroused great interest because they are primarily being infected with circulating variants of concern. To investigate the cases of infected, vaccinated individuals in Salvador, Bahia, Brazil, we performed genomic monitoring to estimate the magnitude of the different variants of concern in these cases. METHODS: Nasopharyngeal swabs from infected (symptomatic and asymptomatic), vaccinated or unvaccinated individuals (n=29), and quantitative reverse transcription polymerase chain reaction cycle threshold value (Ct values) of ≤30 were subjected to viral sequencing using nanopore technology. RESULTS: Our analysis revealed that the Omicron variant was found in 99% of cases and the Delta variant was found in only one case. Infected, fully vaccinated patients have a favorable clinical prognosis; however, within the community, they become viral carriers with the aggravating factor of viral dissemination of variants of concern not neutralized by the currently available vaccines. CONCLUSION: It is important to acknowledge the limitations of these vaccines and to develop new vaccines to emergent variants of concern, as is the case of influenza vaccine; going through new doses of the same coronavirus vaccines is "more of the same."

Development of monoclonal antibodies against prM of Dengue virus 4 / Desenvolvimento de anticorpos monoclonais para prM de Dengue vírus 4

Introduction: dengue is a most common mosquito-borne viral disease in the Americas and tropical countries. Objective: in this work, mice were hyperimmunized with DENV 4 antigen to produce monoclonal antibodies (mAbs). Methodology: DENV 4 (GenBank KC806069) was inoculated in C6/36 cell monolayers cultivated in Leibovitz's 15 medium supplemented with 5% fetal bovine serum and incubated at 28 oC. The virus stock was submitted to concentration and ultracentrifugation and stored at -80 oC until use (VC DENV 4). Balb/c mice were injected intraperitoneally with 50µg of DENV-4 and successive intraperitoneal injections of 25 µg of VCDENV 4 with Freund's incomplete adjuvant were performed. The spleen cells were fused to SP2/0 myeloma cells with PEG 1540 and distributed in 96-well microplates with Iscove's modified medium with Hipoxantina­Aminopterina­Timidina. Hybridoma screening by indirect ELISA showed positive results for six mAbs, and their characterization was performed by Western blotting and Indirect Immunofluorescence (IFI) techniques. Results: the six mAbs showed strong recognition of prM (24/29 kDa), and minor reaction to E protein (66 kDa), E/E protein dimer (105 kDa), and NS1 (49 kDa) protein in two mAbs. The use of mAbs anti-prM as a diagnostic tool using IFI has been demonstrated to detect DENV-4 antigen in infected cells or tissues. Conclusion: DENV 4 generate mAbs with strong reactivity to prM with potential use to confirm the presence of DENV 4 antigen in tissues or infected cells.

Introdução: a dengue é uma doença viral transmitida por mosquitos comumente das Américas e países tropicais. Objetivo: neste trabalho, camundongos foram hiperimunizados com antígeno DENV 4 para produzir anticorpos monoclonais (mAbs). Metodologia: DENV 4 (GenBank KC806069) foi inoculado em monocamadas de células C6 / 36 cultivadas em meio Leibovitz 15 suplementado com 5% de soro fetal bovino e incubadas a 28oC. O estoque viral foi submetido à concentração, ultracentrifugação e armazenado a -80 oC (VC DENV 4). Camundongos Balb / c foram injetados intraperitonealmente com 50 µg de VC DENV-4 e injeções intraperitoneais sucessivas de 25 µg de antigeno com adjuvante incompleto de Freund. As células do baço foram misturadas a células SP2/0 com PEG 1540 e distribuídas em microplacas de 96 poços com meio Iscove Modificado em presença de Hipoxantina ­ Aminopterina ­ Timidina. A triagem de hibridomas por ELISA indireto apresentou resultados positivos para seis mAbs, e sua caracterização foi realizada por técnicas de Western blotting e Imunofluorescência Indireta (IFI). Resultados: os seis mAbs mostraram forte reconhecimento de prM (24/29 kDa) e reação menor à proteína E (66 kDa), dímero de proteína E / E (105 kDa) e proteína NS1 (49 kDa) em dois mAbs. O uso de mAbs anti-prM como uma ferramenta de diagnóstico utilizando IFI demonstrou eficacia em detectar o antígeno DENV-4 em células ou tecidos infectados. Conclusão: o mAbs produzidos para DENV 4 demonstraram uma forte reatividade contra prM, e poderiam ser uma ferramenta de uso potencial no diagnóstico de DENV 4 .

SARS-CoV-2 infection in pregnant women and newborns in two maternity hospitals in Salvador-Bahia, Brazil

ABSTRACT The outbreak of the new coronavirus (SARS-CoV-2) causing the coronavirus disease (COVID-19) has spread globally. As of June 18, 2020, a high maternal mortality rate due to SARS-CoV-2 infections was identified in Brazil, representing most of the world cases at that time. An observational, cross-sectional study was performed with pregnant women admitted in two maternity hospitals located in Salvador/Bahia and their newborns, from May 24th up to July 17th of 2020. Among 329 pregnant women enrolled at hospital admission, a high prevalence (n=28; 8.5%) of pregnant women with COVID-19 was observed, as well as a high proportion of asymptomatic cases (n=19; 67.9%). Two newborns had detectable SARS-CoV-2 but evolved without abnormalities. This data highlight the importance of identifying pregnant women with COVID-19 for proper isolation measures to prevent in-hospital transmission.

Clinical and laboratory findings of acute Zika virus infection in patients from Salvador during the first Brazilian epidemic

Abstract Several major epidemics of Zika fever, caused by the ZIKA virus (ZIKV), have emerged in Brazil since early 2015, eventually spreading to other countries on the South American continent. The present study describes the clinical manifestations and laboratory findings of patients with confirmed acute ZIKV infection during the first epidemic that occurred in Salvador, Brazil. All included patients were seen at the emergency room of a private tertiary hospital located in Salvador, Brazil from 2015 through 2017. Patients were considered eligible if signs of systemic viral febrile disease were present. All individuals were tested for ZIKV and Chikungunya infection using PCR, while rapid test was used to detect Dengue virus antibodies or, alternatively, the NS1 antigen. A diagnosis of acute ZIKV infection was confirmed in 78/434 (18%) individuals with systemic viral febrile illness. Positivity was mainly observed in blood, followed by saliva and urine. Coinfection with Chikungunya and/or Dengue virus was detected in 5% of the ZIKV-infected patients. The most frequent clinical findings were myalgia, arthralgia and low-grade fever. Laboratory analysis demonstrated normal levels of hematocrit, platelets and liver enzymes. In summary, in acute settings where molecular testing remains unavailable, clinicians face difficulties to confirm the diagnosis of ZIKV infection, as they rely only on clinical examinations and conventional laboratory tests.

Genomic surveillance of the Chikungunya Virus (CHIKV) in Northeast Brazil after the first outbreak in 2014

Abstract INTRODUCTION: We performed an epidemiological surveillance of the Chikungunya (CHIKV) lineages in Bahia after the 2014 East/Central/South African (ECSA) genotype outbreak. METHODS: Reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), viral isolation, and phylogenetic analyses were conducted on serum samples from 605 patients with CHIKV-like symptoms during 2014-2018. RESULTS: Of the 605 samples, 167 were CHIKV-positive. Viral isolation was achieved for 20 samples; their phylogenetic analysis (E2 protein) revealed the presence of ECSA lineage and reinforced the phylogenetic relationship between ECSA and Indian Ocean lineages. CONCLUSIONS: The genomic surveillance of CHIKV showed that only ECSA lineage circulated in Bahia since the 2014 outbreak.

A localized outbreak of Chikungunya virus in Salvador, Bahia, Brazil

A localized Chikungunya virus (CHIKV; East/Central/South African genotype) outbreak (50 cases, 70% laboratory-confirmed; attack rate: 5.3 confirmed cases/100 people) occurred in a Salvador, Brazil neighborhood, between Apr-Jun/2017. Highly clustered cases in space and time, mostly along a single street, highlight an increased risk of CHIKV transmission among pockets of susceptible populations. This finding underscores the need for ongoing local level surveillance for arboviral outbreaks.

Gastroenterite aguda associada a variantes do Norovírus GII. 4 / Acute gastroenteritis associated with norovirus gii. 4 variants

ABSTRACT BACKGROUND: Norovirus (NoV) is an important etiologic agent of acute gastroenteritis and infects individuals of all ages, especially children in Brazil and worldwide. NoV GII.4 was the most prevalent genotype worldwide because of your extensive genetic diversity. In Brazil, especially in the Northeast, few studies have been developed for identify and molecularly characterize NoV. OBJECTIVE: The present study aimed to detect and describe the molecular epidemiology of NoV associated with acute gastroenteritis. METHODS: The viral RNA extracted from stool samples were subjected to Nested RT-PCR and the genotypes were determined by nucleotide sequences analysis. In total, 278 stool samples assisted at Aliança Hospital in the city of Salvador, with acute gastroenteritis were examined, between March 2009 and July 2012. RESULTS: A high NoV rate (54.2%) was identified in children under 5 years of age. We detected the circulation of different NoV GII.4 variants in Salvador, during the study period as Den Haag 2006b, New Orleans 2009 and Sydney 2012. CONCLUSION: These findings reinforce the need to study the molecular epidemiology of NoV infections in acute gastroenteritis.

RESUMO CONTEXTO: Norovírus (NoV) é o agente etiológico mais importante nas gastroenterites agudas e infecta indivíduos de todas as idades, especialmente crianças no Brasil e no mundo. O NoV GII.4 é o genótipo mais prevalente em todo o mundo devido a sua elevada diversidade genética. No Brasil, principalmente no Nordeste, poucos estudos têm sido desenvolvidos a fim de identificar e caracterizar molecularmente o NoV. OBJETIVO: O presente estudo teve como objetivo detectar e descrever a epidemiologia molecular do NoV associado com gastroenterite aguda. MÉTODOS: RNA viral extraído a de amostras de fezes foi submetido a amplificação por Nested-RT-PCR e o genótipo determinado por analise da sequência de nucleotídeos. Um total de 278 amostras de pacientes atendidos no Hospital Aliança, na cidade de Salvador, com gastroenterite aguda foram examinados, entre março de 2009 a julho de 2012. RESULTADOS: Uma alta taxa de NoV (54,2%) foi identificado em crianças de até 5 anos de idade. Detectou-se a circulação de diferentes variantes de NoV GII.4 em Salvador, durante o período do estudo, tais como Den Haag 2006b, New Orleans 2009 e Sydney 2012. CONCLUSÃO: Estes achados reforçam a necessidade de maiores estudos para esclarecer a epidemiologia molecular das infecções por NoV em casos de gastroenterite aguda.

Primeiro relato do vírus Orf em rebanhos caprinos do semiárido brasileiro / First report on the Orf virus infection in goat herds from Brazilian semiarid region

O Ectima contagioso, popularmente conhecido como Boqueira, é uma doença causada pelo vírus Orf, que induz lesões pustulares agudas na pele de ovinos e caprinos. No presente trabalho, é relatada pela primeira vez a identificação e confirmação laboratorial do vírus Orf em rebanhos caprinos da Bahia. A Agência Estadual de Defesa Agropecuária da Bahia (ADAB) relatou a ocorrência de focos de uma doença epitelial nos caprinos das raças Canindé e Alpina Britânica nas localidades de Barreira e Pedra Alta, no município de Araci. Foram coletadas as amostras das lesões de crostas labiais do rebanho da localidade de Barreira e das crostas dos tetos do rebanho de Pedra Alta. Os materiais coletados foram submetidos à extração de DNA e posterior reação em cadeia da polimerase (PCR), para amplificação dos genes do vírus Orf: ORFV011 (B2L, 1022 pares de bases [pb]) e ORFV 059 (F1L, 1062 pb). Todas as amostras foram positivas na reação de PCR, confirmando-se a presença do vírus Orf nas lesões observadas nos rebanhos caprinos das comunidades de Barreira e Pedra Alta.

Produção de antígeno viral para o sorodiagnóstico da artrite-encefalite caprina utilizando um teste imunoenzimático (ELISA) / Viral antigen production for the sorodiagnóstico of the goat artrite-encefalite using one has tested imunoenzimático

O vírus da Artrite-encefalite caprina (CAEV) é um Lentivírus de pequenos ruminantes, que causa uma doença crônica e progressiva, caracterizada por encefalomielite, mastite, pneumonia e artrite. O diagnóstico é baseado na detecção de anticorpos contra o vírus através da Imunodifusão em Gel de Agarose (IDGA), técnica sorológica de referência para CAEV, porém de baixa sensibilidade. O objetivo deste trabalho foi produzir um antígeno a partir da cultura de células de membrana sinovial caprina (MSC) infectadas com a CAEV, para ser utilizado em um teste diagnóstico (ELISA indireto). O antígeno foi obtido de culturas de células de MSC infectadas e posterior tratamento com SDS 0,1%. Amostras de soros caprinos (n=343) foram utilizadas para detectar a presença de anticorpos para CAEV pelo teste ELISA indireto e a técnica IDGA. Nessas amostras, o teste ELISA detectou 72 (21%) amostras positivas. Entretanto, o teste IDGA detectou 30 (8%) amostras positivas. O ELISA indireto também detectou precocemente uma soroconversão em 5 animais de um total de 13 controlados periodicamente durante 2 anos. A sensibilidade e a especificidade do teste ELISA com relação a IDGA foi de 73,3% e 84% respectivamente. Esse ELISA com o antígeno viral assim produzido mostrou-se efetivo, de baixo custo e sensível para o diagnóstico sorológico de anticorpos para CAEV.

Molecular characterization of group A rotavirus isolates obtained from hospitalized children in Salvador, Bahia, Brazil

Rotavirus is a major cause of infectious diarrhea in infants and young children. The objective of this study was to characterize the genotypes of Human Rotavirus found in children hospitalized with acute diarrhea in the Pediatric Hospital Prof. Hosannah de Oliveira of the UFBA in Salvador, Bahia, Brazil, during the years of 1999, 2000 and 2002. Fecal samples were analyzed (n=358) by methods EIARA and SDS-PAGE for detection of Rotavirus. Positive samples of one or two of these methods (n=168) were submitted to RT-PCR and Multiplex-Nested PCR to determine genotypes G and P. A hundred sixty-eight (46.9 percent) samples were positive and 190 (53.1 percent) negative. Only 17 (4.7 percent) samples had divergent results. The distribution of genotypes G during the first year, showed that the genotype G9 was present in 96,8 percent of the analyzed samples, in the second year, it was responsible for 96 percent and in the third year, 88,1 percent. The characterization of genotypes P demonstrated that the genotype P1A[8] was the most outstanding in all years. In this study we discuss the benefit to control the genotypes of Rotavirus through the molecular characterization for the development of potential vaccines.

Isolamento e identificação do vírus da Artrite encefalite caprina, a partir do co-cultivo de células mononucleares do sangue com células de membrana sinovial de cabra / Isolation and identification of the caprine arthritis-encephalitis virus from the co-cultivation of peripheral blood mononuclear cells with goat membrane sinovial cells

O vírus da Artrite encefalite caprina é o agente causal de uma doença progressiva e debilitante em caprinos, em que as células da linhagem monócito/macrófago são as principais hospedeiras do vírus in vivo. Essas células estão presentes no colostro, no leite ou no sangue. Estudos demonstram que a replicação viral é dependente do nível de maturação ou diferenciação da célula monocítica, influenciando na sensibilidade de detecção do vírus. Neste estudo, utilizamos o cocultivo de monócitos/macrófagos com células de membrana sinovial de cabras, para o isolamento do vírus circulante no campo; a técnica de double nested PCR (dn PCR) dos co-cultivos e sangue, viabilizou a confirmação do isolamento viral, e a detecção direta do vírus no sangue. Através dessa técnica, detectou-se a presença do DNA proviral em animais soronegativos por Imunodifusão em Gel de Agarose (IDGA); esses achados confirmam que o tempo entre o inicio da infecção e o aparecimento de anticorpos no sangue é variável, facilitando a permanência de animais falsos-negativos no rebanho. Nas amostras processadas, tivemos uma divergência de resultados entre amostras sorologicamente positivas, entretanto, negativas por dn PCR, quando se utilizou a amplificação direta do sangue. Quanto ao cultivo de monócitos/ macrófagos in vitro e posterior co-cultivo com células de MSC obteve-se êxito pelo isolamento do vírus em quatro animais, havendo sido um deles soronegativo. O presente estudo demonstra o primeiro isolamento do vírus nos rebanhos do estado da Bahia, além da implementação da técnica de dn PCR, em co-cultivo de células.

Pesquisa do vírus da diarréia viral bovina em bovinos jovens / Investigation of bovine viral diarrhea virus in young bovines

Nesta pesquisa analisamos a presença do vírus da Diarréia viral bovina em bovinos jovens através de um estudo sorológico e isolamento viral. A técnica de seroneutralização detectou de um total de 220 bovinos, 123 (56 por cento) animais sorologicamente positivos. A distribuição dos títulos de anticorpos soroneutralizantes(TSN), mostrou que 82 por cento das amostras apresentaram TSN de até 512, enquanto que 18 por cento apresentaram TSN maiores que 512. O isolamento viral a partir da fração leucocitaria desses bovinos, confirmou a presença do vírus em quatro bovinos aparentemente saudáveis e de um bezerro com sintomatologia respiratória. Os cinco isolados virais não apresentaram efeito citopático nos cultivos celulares.

Detecção de anticorpos contra o vírus da parainfluenza bovina tipo 3 (pi-3) e o vírus da leucose bovina (vlb) em bovinos de diferentes municípios do Estado da Bahia, Brasil / Detection of antibodies against bovine parainfluenza type 3 virus (pi-3) and bovine leukemia vírus (blv) in bovines from different counties of Bahia State, Brazil

Neste trabalho, foi avaliada a pesquisa de anticorpos contra o vírus da parainfluenza bovina tipo 3 (PI-3) e o vírus da leucose bovina (VLB), em seis municípios do Estado da Bahia, através de uma amostragem sorológica de 187 bovinos de 1 a 4 anos, sem antecedentes clínicos, vacinação ou diagnóstico laboratorial das doenças em estudo. Do total dos 187 soros analisados para a detecção de anticorpos contra o vírus de PI-3, utilizando a técnica de inibição da hemoaglutinação, 59 soros foram negativos (31,5 por cento) e 128 soros foram positivos (68,5 por cento). Dos 128 soros positivos, 42 soros mostraram ter 80 UIHA, 67 soros, 160-320 UIHA e 11 soros um valor maior do que ou igual a 640 UIHA. Os resultados para VLB, detectados pela técnica de ELISA de uso comercial, mostraram que, dos 187 soros, somente 14 foram positivos (7,5 por cento). Os resultados obtidos são discutidos no trabalho.

Detecção do rotavírus humano em crianças hospitalizadas com quadros diarréicos em Salvador, Bahia, Brasil / Detection of human rotavirus in children with diarrhea episodes in Salvador, Bahia, Brazil

A diarréia aguda infantil é um importante problema na saúde pública e os rotavírus são responsáveis por cerca de 20 a 40 por cento dos casos de diarréia severa e desidratação em crianças de 0 a 5 anos de idade. Foram analisadas fezes de crianças de 0 a 4 anos que estiveram hospitalizadas com diarréia no período de outubro de 1998 a dezembro de 1999, em Salvador. As amostras foram analisadas por técnicas de ELISA e SDS-PAGE. Das 217 amostras testadas, 76 (35 por cento) foram positivas para rotavírus, 127 (58,5 por cento) foram negativas e 14 (6,5 por cento) divergiram quanto ao resultado. Através da análise das amostras positivas por SDS-PAGE, pôde-se identificar os rotavírus pertencentes ao grupo A, classificando-os em eletroferotipos curtos, comuns ao subgrupo I, e longos, comuns ao subgrupo II.

Serological survey for bovine herpesvirus 1 in cattle from different regions in the state of Bahia, Brazil

The presence of antibodies against BHV-1 was evaluated in young bovines from fifteen different counties distributed along North, South and Central regions of the state of Bahia. Bovines with age ranged from 1 to 4 years old, non-vaccinated against BHV-1 and without diagnostic of BHV-1 infection were chosen for blood collection. A total of 558 serum samples were collected equivalent to 10 percent of the population in each farm. The sera were submitted to ELISA (HerdCheck-IDDEX) and Microserum neutralization (MSN) tests. The MSN was performed in monolayers of MDBK cells in microplates using Los Angeles BHV-1 strain. The results of serum samples by ELISA showed that 56 percent (314/558) were positive and 44 percent (244/558) were negative. The sera assayed by MSN showed that 48 percent (269/558) were negative and 52 percent (289/558) were positive. These positive sera demonstrated that 54 percent had serumneutralization titer between 4-16, 35 percent between 32-64 and 11 percent 3 64. Our results suggest that the virus is circulating actively in herds. Furthermore, the high diffusion of the BHV-1 in young bovines could represent a constant source of viral infection in the herd